Висновки Акта Державної фіскальної служби України за результатами перевірки часто викликають у платника податків питання щодо обґрунтованості встановлених порушень.
Коли податковий і бухгалтерський облік на підприємстві ведуться на належному рівні, платники податків нерідко оскаржують обґрунтованість висновків Акта Державної фіскальної служби України за результатами проведеної перевірки.
Економічна експертиза (дослідження) проводиться безпосередньо щодо операцій, описаних в Акті перевірки відповідно до поставлених питань
При проведенні дослідження справ пов`язаних з кредитами обов`язково приділяється увага наявності документального підтвердження надання грошових коштів та його оформлення відповідно до вимог нормативно-правових актів НБУ з організації касової роботи банків (в т.ч. Постанови Правління НБУ №337 від 14.08.2003р.) ВерховнийСуд у справі №539/1582/16-ц закріпив свою позицію що єдиним допустимим доказом отримання готівкової іноземної валюти позичальником та факт виконання умов договору є касовий документ - заява про видачу готівки
Рішенням Полтавського окружного адміністративного суду при розгляді справи було враховано як доказ Висновок експерта Експертно-дослідної служби України. Судом визнано протиправним та скасовано податкове повідомлення-рішення Державної податкової інспекції, яким було зменшено суму від'ємного значення об'єкта оподаткування податком на прибуток у розмірі 3 388 054 грн.