Найбільш поширені порушення, описані в Актах податкових перевірок:
з податку на додану вартість - завищений податковий кредит, сумнівні постачальники, неоподаткованих операції та інші порушення;
з податку на прибуток - невраховано прибуток і порушення аналогічні порушенням з ПДВ;
з прибуткового податку - це виплачені або отримані доходи фізичними особами, які не мають (або такими, що втратили) статус підприємця, додаткові блага, надані фізичним особам.
Для експертизи обґрунтованості висновків Акта перевірки необхідні наступні документи:
всі сторінки самого Акта податкової перевірки;
первинні документи за оспорюваними операціями (в т.ч. договори, накладні, акти виконаних робіт, платіжні документи);
відображення в бухобліку оспорюваних операцій (у вигляді оборотно-сальдових відомостей і карток рахунків);
податкова звітність за відповідні періоди, у вигляді податкових декларацій з відповідного податку.

Економічна експертиза щодо податкових Актів перевірок може проводиться як до суду, тобто в досудовому оскарженні, а саме на етапі подачі скарг в податкові органи і при підготовці позову до суду, так і в подальшому в самому суді.
Суть і, відповідно, ціна проведення окремо взятого дослідження, як до суду так і в суді, аналогічні.
Відмінність полягає лише в тому, що експертизу через суд призначити більш складно, так як її повинен узгодити сам суддя.
Виходячи з нинішньої судової практики, судді дуже неохоче затягують засідання для того, щоб провести експертизу акта податкової.
Учасники такого спору переважно самостійно від суду проводять експертні дослідження щодо висновків податкової перевірки, а в суді надають уже сам результат такого дослідження.
Податкова експертиза проводиться безпосередньо за операціями, описаними в самому акті перевірки.
У такому випадку саме податкове повідомлення-рішення не має особливого значення для експертизи.
Виходячи з нинішньої судової практики, будь-які помилки і неточності, допущені інспектором в самому повідомленні-рішенні, можуть бути лише незначно скориговані рішенням суду.
Податкові спори в суді розглядаються по суті порушення обліку операцій, описаних ревізорами в самому Акті податкової перевірки.
На жаль, практика проведення експертиз податкових перевірок, як і раніше, підтверджує, що висновки в Акті податкових органів часто не до кінця аргументовані.